Keduanya benar.
Meninggalkan sekolah ketika pelajaran sedang berlangsung = meninggalkan sekolah dan meninggalkan pelajaran.
Meninggalkan pelajaran ketika sekolah sedang berlangsung = bisa berarti hanya meninggalkan pelajaran itu saja. Siapa tahu ke kantin untuk minum teh manis hangat.