Genographic Project Dari National Geographic

[Parameswara Li]

Genographic Project Dari National Geographic



The Genographic Project adalah sebuah program yang diselenggarakan oleh National Geographic Society dan IBM. Ini adalah studi antropologi genetik jangka panjang yang bertujuan untuk memetakan pola migrasi sejarah manusia dengan mengumpulkan dan menganalisis sampel DNA dari orang-orang dari seluruh dunia .

Diluncurkan pertama kali pada 13 April 2005. Proyek Genographic bergantung pada identifikasi penanda genetik dan melakukan konsultasi luas dengan kelompok-kelompok masyarakat adat dari seluruh dunia . Proyek ini bersifat non-profit dan didanai dari hasil kolaborasi antara National Geographic Society, IBM dan Waitt Family Foundation, serta ditambah juga dari sebagian hasil dari penjualan Kit Pengujian

Sampel DNA dikumpulakan oleh peneliti lapangan di 11 pusat regional di seluruh dunia dari penduduk asli . Populasi yang berbeda memiliki penanda genetik yang berbeda. Penduduk asli memberikan konteks geografis dan budaya dengan penanda genetik dalam DNA mereka . Petunjuk ini membantu menciptakan pola migrasi manusia di masa lalu .

Proyek ini juga membutuhkan kontribusi dari masyarakat dunia. Kita dapat ikut serta berpartisipasi dalam proyek ini dengan mengirimkan sampel DNA kita. Yang perlu dipahamai, tidak seperti tes DNA dari perusahaan-perusahan lain, tujuan dari proyek ini bukan studi genealogi, namun studi antropologi, sehingga fokusnya adalah Deep Ancestry, bukan Recent Ancestry.

Pada tahun 2012 The Genographic Project meluncurkan tahap keduanya yang dinamakan Geno 2.0. Jika pada Tahap pertama (2005-2012) yang dianalisis adalah STR dari kromosom Y dan juga SNP dari mtDNA, maka pada tahap kedua ini The Genographic Project tidak menganalisis STR, namun fokus kepada SNP, baik SNP dari Y-Chromosome, mtDNA, maupun Autosomal DNA.

Agustus 2015 diluncurkan tahap ketiganya yang disebut Geno 2.0 Next Generation. Secara umum produk ini hampir sama dengan Geno 2.0 namun ada penambahan jumlah SNP yang dites dari yang semula hanya sekitar 150000 SNP menjadi 750000 SNP. Penambahan SNP yang sangat besar pada autosomal DNA tersebut memungkinkan penggunaan data yang didapat untuk tujuan genealogi.

[Parameswara Li]

Berikut ini adalah contoh dari hasil analisis sampel DNA. Partisipan adalah orang Indonesia.

Spoiler for :

Ini adalah hasil dari analisis SNP Autosomal DNA

Terlihat bahwa persentase Gen Asia Timur Laut cukup dominan, menandakan partisipan mempunyai leluhur Asia Timur.



Persentase Gen Asia Tenggara juga tinggi. Tentu saja ini adalah hal wajar untuk orang Indonesia.



Gen Asia Barat orang Indonesia kemungkinan besar berasal dari pendatang-pendatang Arab dan India.



Sebelum kedatangan ras Mongoloid, Asia Tenggara dihuni oleh orang Melanesia sehingga wajar juga bila sebagian kecil dari mereka kemudian terserap kedalam populasi pendatang.

Genographic Project kemudian mencocokan komposisi tersebut dengan referensi populasi yang ada pada mereka.

Spoiler for :

Sayang sekali untuk Asia Tenggara mereka kelihatannya hanya punya satu populasi sebagai pembanding. Genographic Project kelihatannya lebih fokus kepada wilayah lain misalnya Afrika, Eropa dan Amerika Latin.

Komposisi Gen Asia Timur pada rata-rata orang Vietnam yang ada pada database mereka menurut saya sangat tinggi. Hal ini kemungkinan karena sampel untuk pembanding ini diambil dari penduduk Hanoi. Hanoi terletak di Vietnam bagian utara. Memang, makin ke utara penampilan orang Vietnam makin mirip Asia Timur sementara makin ke selatan makin mirip orang Asia Tenggara. Lagipula Vietnam (bagian utara) selama 1000 tahun menjadi wilayah Cina sehingga wajar sekali bila percampuran genetik sangat masif di sana. Sebagai catatan wilayah Vietnam bagian tengah tadinya adalah wilayah Campa dan wilayah Vietnam bagian selatan tadinya adalah wilayah Khmer (Kamboja).

Komposisi DNA partisipan memang mirip dengan komposisi DNA rata-rata orang Vietnam (yang saya duga adalah dari bagian utara). Bedanya adalah bahwa partisipan mendapat unsur Asia Barat dan Oceania.

[Parameswara Li]

Teori yang berkembang sekarang adalah bahwa walaupun hominid hominid lain selain Homo sapiens sapiens telah punah, namun sebagian kecil dari mereka telah terserap ke dalam populasi Homo sapiens sapiens. Oleh karena itu dalam gen Homo sapiens sapiens saat ini ada sedikit gen yang didapat dari hominid lain. Genographic Project mencoba mengukur kadar Ancient Hominid dalam DNA kita.

Spoiler for :

[ndugu]

wah, menarik nih

[Parameswara Li]

Mitochondrial DNA, atau yang biasa disingkat menjadi mtDNA adalah DNA dari organisme yang ada dalam sel manusia. Penjelasannya tentu panjang sekali, jadi saya langsung saja membahas pokok masalahnya. Setiap orang mewarisi mtDNA dari ibunya sehingga bisa dikatakan bahwa mtDNA ini adalah petunjuk untuk garis keturunan dari garis ibu. Seorang anak perempuan kelak akan mewariskan mtDNAnya kepada anak-anaknya, sedangkan anak laki-laki tidak akan mewariskan mtDNA kepada anak-anaknya.

Sama seperti semua organisme lain, DNA pada Mitokondria ini juga bermutasi. Mutasi inilah yang kemudian dianalisis untuk menentukan pola migrasi sebuah kelompok manusia.

Spoiler for :

Partisipan berada dalam Haplogroup F, lengkapnya F1a1. Jadi maksudnya Haplogroup F mempunyai beberapa branch, salah satunya F1.Kemudian F1 juga mempunyai branch F1a. Kemudian bercabang lagi menjadi F1a1.

Saya lihat di hasil partisipan lain ada yang F1a1b, jadi lebih mengerucut lagi.

Spoiler for :

Ini adalah peta migrasi Haplogroup F



Ini adalah daerah penyebaran Haplogroup F

Hasil Pembandingan Dengan Partisipan Lain

Spoiler for :

Lingkaran di oranye di tengah adalah partisipan sedangkan lingkaran-lingkaran kecil yang lain adalah partisipan-partisipan lain. Melihat hasil komentar dari para partisipan lain, saya berkesimpulan bahwa dalam lingkaran ini semuanya F1a1.

Spoiler for :

Berikut ini adalah 2 dari beberapa komentar partisipan-partisipan lain.

[ndableg]

Ini adalah peta migrasi Haplogroup F



Ini adalah daerah penyebaran Haplogroup F

Berarti bener dong, manusia sekarang semua berasal dari afrika?

[Parameswara Li]

Hasil Pembacaan Kromosom Y

Kromosom Y hanya dimiliki oleh laki-laki. Laki-laki mewarisi kromosom Y dari ayah mereka dan kelak akan mewariskan kepada anak-anak laki-laki mereka. Sehingga Kromosom Y ini menjadi petunjuk untuk garis keturunan laki-laki. Genographic Project membaca dan menganalisis SNP dan bukan STR sehingga hasilnya adalah Deep Ancestry dan bukan Recent Ancestry.

Spoiler for :

Partisipan berada dalam Haplogroup O. Haplogroup ini eksklusif Asia Timur dan Tenggara. Sehingga sebagian besar laki-laki Asia Timur dan Tenggara termasuk dalam Haplogroup ini. Partisipan termasuk dalam O-F1982.



SNP yang berawalan F ini adalah SNP baru sehingga belum masuk dalam daftar resmi ISOGG Y-SNP tree. SNP-SNP yang namanya berawalan F tersebut didapat dari hasil riset yang dilakukan oleh Universitas Fudan di Shanghai di bawah pimpinan Professor Jin Li.

Pembandingan Dengan Hasil Pembacaan SNP Kromosom Y Partisipan Lain

Spoiler for :

Lingkaran oranye di tengah adalah partisipan, sedangkan Titik-titik lingkaran di sekelilingnya adalah partisipan-partisipan lain. Makin Jauh jarak lingkaran maka makin jauh jarak hubungannya.

Spoiler for :

Berikut ini 2 komentar dari partisipan-partisipan lain.

[Parameswara Li]

Teori yang berkembang sekarang adalah bahwa walaupun hominid hominid lain selain Homo sapiens sapiens telah punah, namun sebagian kecil dari mereka telah terserap ke dalam populasi Homo sapiens sapiens. Oleh karena itu dalam gen Homo sapiens sapiens saat ini ada sedikit gen yang didapat dari hominid lain. Genographic Project berusaha memperkirakan persentase hominid lain tersebut dalam gen partisipan.

Spoiler for :

[Alip]

Satu hal yang jadi kontroversi dari proyek ini adalah para indigenous people. Proyek ini pada dasarnya mengatakan bahwa tidak ada yang disebut 'penduduk asli' suatu daerah, karena semua penduduk sesungguhnya adalah imigran yang datang ke daerah tersebut entah berapa generasi yang lalu.

Buat saya, ini menekankan persaudaraan semua manusia di dunia, tapi bagi beberapa orang, ini adalah ancaman bagi hak istimewa para 'penduduk asli'...

[ndableg]

Satu hal yang jadi kontroversi dari proyek ini adalah para indigenous people. Proyek ini pada dasarnya mengatakan bahwa tidak ada yang disebut 'penduduk asli' suatu daerah, karena semua penduduk sesungguhnya adalah imigran yang datang ke daerah tersebut entah berapa generasi yang lalu.

Buat saya, ini menekankan persaudaraan semua manusia di dunia, tapi bagi beberapa orang, ini adalah ancaman bagi hak istimewa para 'penduduk asli'...

Penduduk asli mgk lebih ke kondisi di mana waktu mereka datang ke tempat itu belum ada manusia/golongan lain. Jadi bikin rumah di tanah kosong.
Istilah anak2 jaman sekarang... pertamax!

[Parameswara Li]

Berarti bener dong, manusia sekarang semua berasal dari afrika?

Lha itu memang dasar dari teori "Out of Africa"

Penduduk asli mgk lebih ke kondisi di mana waktu mereka datang ke tempat itu belum ada manusia/golongan lain. Jadi bikin rumah di tanah kosong.
Istilah anak2 jaman sekarang... pertamax!

Bisa juga ketika mereka datang sudah ada penghuni sebelumnya, tetapi sejalan dengan berjalannya waktu, penghuni sebelumnya itu kalah bersaing dan sebagian kecil terserap ke dalam populasi pendatang. Contohnya di nusantara ini. Coba anda tanya sebagian besar orang Jawa, pasti mereka bilang bahwa mereka adalah penduduk asli Jawa. Lha, padahal dahulu orang Melanesia tersebar luas di seluruh nusantara.

[AsLan]

memang pada dasarnya penduduk indonesia imigran dari utara, dari sd diajarinnya begitu, jadi pribumi adalah mereka yg pertama kali menempati suatu wilayah, bukan "muncul" begitu saja.

konsisten dengan kisah penyebaran manusia jaman menara babel, cuma beda di masalah dating.

[Parameswara Li]

Spoiler for :

[ndableg]

Ya mungkin lebih ke lamanya waktu dan banyaknya nenek moyang.

[Parameswara Li]

Ya mungkin lebih ke lamanya waktu dan banyaknya nenek moyang.

Ya itu debatable juga. Yang jelas ada populasi yang mengklaim wilayah yang sudah lama didiami oleh populasi lain setelah mereka.

[ndableg]

Ya itu debatable juga. Yang jelas ada populasi yang mengklaim wilayah yang sudah lama didiami oleh populasi lain setelah mereka.

Jadi misalnya gini pak.
Ketika bangsa eropa datang ke australia, bangsa aborigin sudah 40ribu taun tinggal di australia. Artinya aborigin lebih native drpd orang eropa, karena sudah ribuan taun tinggal di sana, walaupun australia jutaan taun lalu dihuni dinosaurus misalnya..

[Parameswara Li]

Beberapa populasi lain yang menjadi referensi :

Spoiler for :

[ndableg]

Beberapa populasi lain yang menjadi referensi :

Spoiler for :

Spoiler for :

Spoiler for :

dst

Kayaknya hasil2 ini ga terlalu menarik karena kita bisa liat begitu jalan keluar rumah, ke kota misalnya, melihat perbedaan2.

[Parameswara Li]

Kayaknya hasil2 ini ga terlalu menarik karena kita bisa liat begitu jalan keluar rumah, ke kota misalnya, melihat perbedaan2.

Bukan begitu maksudnya. Yang dijadikan sample hanya penduduk setempat. DNA tidak bisa dilihat dengan kasat mata, harus dibaca dan dianalisis dengan peralatan canggih. Itu komposisi genetik populasi maksudnya bukan komposisi rasial dari suatu sekelompok penduduk di daerah tertentu, tetapi rata-rata komposisi genetik dari suatu populasi.

Jadi misalnya mereka mau menjadikan populasi Bali sebagai salah satu populasi referensi maka yang akan diambil samplenya sebagai data hanya orang Bali yang turun termurun asli Bali saja. Yang keturunan lain tidak dipakai sebagai sample. Tentu saja dalam hasil yang kemudian keluar kemungkinan besar tidak hanya SNP Asia Timur Laut dan Asia Tenggara saja yang muncul.

Sample dasar untuk menenentukan komposisi genetik berbeda dengan partisipan. Kalau partisipan itu diharapkan memberikan kontribusinya berupa sample DNA namun tidak akan digabung ke dalam sample dasar untuk menentukan komposisi genetik tadi. Mereka hanya akan dibandingkan dengan rata-rata komposisi genetik dari populasi yang paling mirip secara genetik dengan si partisipan.



Maksud dari komposisi ini bukannya 47% penduduk Bulgaria mempunyai leluhur dari mediterania dan 31% dari Eropa Utara. Tetapi dari populasi Bulgaria yang mereka teliti, dalam diri setiap orang yang diteliti itu rata-rata terdapat 47% SNP yang disimpulkan merupakan SNP asli mediterania dan 31% SNP yang disimpulkan merupakan SNP aslli dari Eropa Utara. Dan ini tidak bisa dilihat secara kasat mata. Untuk sample dari Bulgaria ini mereka hanya kumpulkan dari orang-orang yang sudah turun temurun hidup dan tinggal di situ. Jadi kalau ada imigran dari Asia atau Afrika yang ada di situ maka tidak akan diikutkan untuk menghitung rata-rata komposis genetik.



Contoh ini sudah saya tampilkan dalam posting #2. Disitu saya katakan partisipan adalah orang Indonesia. Nah, bukan berarti bahwa 5% orang Indonesia itu adalah keturunan Asia Barat dan 4% adalah adalah keturunan Oceania. Terus terang saya agak kuatir kalau ternyata banyak yang salah tangkap seperti itu. Karena itu berarti saya kurang jelas dalam menerangkannya.

Hasil di atas adalah hasil analisis DNA dari Mr. X. Mr. X adalah Warga Negara Indonesia, lahir di Indonesia, ayah dan ibunya juga lahir di Indonesia. Kakek nenek juga lahir di Indonesia. Nah dari SNP yang diteliti berdasarkan sample DNA yang dikirimkan Mr. X ke laboratorium di Houston, Texas, maka disimpulkan bahwa terdapat 5% SNP yang oleh Genographic Project disimpulkan berasal dari populasi asli Asia Barat dan 4 % SNP yang berasal dari populasi asli Oceania. Tentu saja SNP yang dominan dalam diri Mr. X adalah SNP yang berasal dari populasi Asia Timur Laut.

Kalau anda mengirimkan sample DNA ke Houston, Texas tersebut maka sample tersebut akan dibaca dan dianalisis. Dan dicocokkan dengan referensi populasi yang ada pada database mereka. Referensi populasi itu adalah referensi genetik rata-rata, jadi bukan profil rasial dari penduduk suatu tempat.

[Parameswara Li]

Contoh komposisi genetik dari partisipan lain :

Spoiler for :

Partisipan ini mengklaim dirinya sebagai campuran antara Kolombia, Puerto Rico, dan Meksiko.